Im Auftrag des Magistrats der Stadt Frankfurt am Main erfolgt durch die Abteilung Botanik und molekulare Evolutionsforschung des Senckenberg Forschungsinstitutes Frankfurt seit 1985 im gesamten Stadtgebiet - mit Ausnahme der Naturschutzgebiete sowie einiger größerer Industrieanlagen - die flächendeckende Kartierung der Biotoptypen. Die Anbindung der Biotopkartierung an das Senckenberg Forschungsinstitut war naheliegend, da ein Schwerpunkt seiner Forschung traditionell im Großraum Frankfurt liegt und Flora und Fauna der Region seit über 200 Jahren in den Sammlungen der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) archiviert werden. Dadurch sind die besten Voraussetzungen gegeben, die Veränderungen der Flora und Fauna zu erfassen, zu dokumentieren und zu beurteilen.

1990 wurde der erste Durchgang der Biotopkartierung des Stadtgebietes abgeschlossen, seitdem erfolgen im fünfjährigen Turnus Revisionskartierungen. Seit dem Jahr 2000 findet die Biotopkartierung auch im 10-jährigen Turnus im Stadtwald Frankfurt statt, der vorher von den Untersuchungen ausgenommen war. Seit Gründung der Arbeitsgruppe 1985 werden zusätzlich in Form von sogenannten "Präzisierungskartierungen" in ausgewählten Gebieten und Lebensräumen der Stadt Frankfurt vertiefte floristisch-faunistische Untersuchungen durchgeführt, die Antworten auf Themenkomplexe wie landschaftsstrukturelle Ausstattung und Verbund, Arteninventar, Naturschutz sowie Pflege und Entwicklung geben und in jüngerer Zeit auch in einzelne, umfassendere Sonderprojekte (z.B. Frankfurt 21; Stadtwald; Flughafen-Projekt; „Wildnis wagen“-Gebiete Monte Scherbelino und Nordpark Bonames) mündeten. Die Ergebnisse dieser Arbeiten waren und sind unverzichtbare Grundlage für die Fachplanungen der Stadt (Landschafts- und Naturschutzplanung, Arten- und Biotopschutzprogramme, Eingriffsregelung). Sie liefern neben wissenschaftlich fundierten Informationen über den Zustand, die Gefährdung und Schutzbedürftigkeit sowie die Entwicklungsfähigkeit der Natur in der Großstadt auch Kenntnisse über die Verbreitung von Lebensräumen, Pflanzen- und Tierarten und ermöglichen Aussagen zu deren Gefährdungspotential und zur Planung von Schutzmaßnahmen. Zum wesentlichen Teil auf der Basis der Daten der Biotopkartierung und unter Einbeziehung zahlreicher weiterer Quellen wurde 2021 das Arten- und Biotopschutzkonzept der Stadt Frankfurt erstellt (Download unter: https://frankfurt.de/themen/umwelt-und-gruen/umwelt-und-gruen-a-z/im-gruenen/naturschutz/arten--und-biotopschutzkonzept). Im Jahre 2023 begann für die Biotopkartierung eine neue Phase in Form einer 12-jährigen Forschungskooperation zwischen Umweltamt der Stadt Frankfurt und Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung („Förderung der Arten- und Biotopvielfalt in Frankfurt am Main – Identifizierung von Maßnahmen zur Minderung der Folgen von Klimawandel und Nutzungsdruck“).

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